該步驟的目的是將目標(biāo)產(chǎn)物從起始原材料（如器官、組織或細(xì)胞）中釋放出來(lái)，同時(shí)保護(hù)目標(biāo)產(chǎn)物的生物活性。

由于技術(shù)和經(jīng)濟(jì)原因，在這一步驟中能選用的單元操作相當(dāng)有限，過(guò)濾和離心是基本的單元操作。為了加速固-液兩相的分離，可同時(shí)采用凝聚和絮凝技術(shù)；為了減少過(guò)濾介質(zhì)的阻力，可采用錯(cuò)流膜過(guò)濾技術(shù)，但這一步對(duì)產(chǎn)物濃縮和產(chǎn)物質(zhì)量的改善作用不大。

該步驟僅有有限的幾類(lèi)單元操作可選用，但這些技術(shù)對(duì)產(chǎn)物有高度的選擇性，用于除去有類(lèi)似化學(xué)功能和物理性質(zhì)的可溶性雜質(zhì)，典型的單元操作有色譜分析、電泳和沉淀等。

產(chǎn)物的最終用途和要求決定了最終的加工方法，濃縮和結(jié)晶常常是操作的關(guān)鍵，大多數(shù)產(chǎn)品必須經(jīng)過(guò)干燥處理，有些還需進(jìn)行必要的后加工處理（如修飾、加入穩(wěn)定劑）以保護(hù)目標(biāo)產(chǎn)物的生物活性。